西安电子科技大学黄晓太获国家专利权
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龙图腾网获悉西安电子科技大学申请的专利基于单细胞数据的时间延迟的基因调控网络构建方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN116665770B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2025-07-01发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202310627560.9,技术领域涉及:G16B20/00;该发明授权基于单细胞数据的时间延迟的基因调控网络构建方法是由黄晓太;吴浪浪设计研发完成,并于2023-05-30向国家知识产权局提交的专利申请。
本基于单细胞数据的时间延迟的基因调控网络构建方法在说明书摘要公布了:本发明提出了一种基于单细胞数据的时间延迟的基因调控网络构建方法。该方法基于单细胞数据计算基因的表达值方差,获取基因表达数据,基于时间延迟计算调控基因与靶基因间的最大互信息,构建基因调控网络。本发明的优点是:在单细胞数据中引入时间延迟因素,计算调控基因表达值与靶基因表达值之间的互信息、调控基因表达值与靶基因速率之间的互信息,获取不同时间延迟下互信息的最大值,以最高互信息值作为基因间的相互作用得分。本发明提高了基因调控网络推断的准确度,为挖掘基因间的联系提供了新的视角。
本发明授权基于单细胞数据的时间延迟的基因调控网络构建方法在权利要求书中公布了:1.一种基于单细胞数据的时间延迟的基因调控网络构建方法,其特征在于,包括如下步骤: 1基于单细胞数据计算基因的表达值方差: 获取T个单细胞且每个单细胞包含G个基因的单细胞数据,并计算每个基因的表达值方差Valg,其中,10≤T≤1000,100≤G≤20000; 2获取基因表达数据: 选取表达值方差大于预先设置阈值的N个基因,并推断每个单细胞的伪时间,然后按照伪时间从小到大的顺序对T个单细胞进行排序,得到每个基因在T个单细胞下的表达数据,其中,每个基因都可以被视作调控基因和靶基因,第n个基因的表达数据为 3基于时间延迟计算调控基因与靶基因间的最大互信息: 初始化M个时间延迟D={d1,d2,...,dm,...,dM},dM<T,并根据时间延迟dm计算第i个调控基因与第j个靶基因之间的表达数据的互信息的最大值以及第i个调控基因的表达数据与第j个靶基因速率之间的互信息的最大值实现步骤为: 3a初始化M个时间延迟D={d1,d2,...,dm,...,dM},并根据时间延迟dm从第i个调控基因、第j个靶基因的表达数据 中选取C个伪时间点的数据,组成新的第i个调控基因的表达数据第j个靶基因的表达数据然后计算与的互信息1≤i,j≤N,dM<T,C=T-dM; 3b计算时间延迟dm下的最大值以及第j个靶基因的速率并根据时间延迟dm从Vj中选取E个伪时间点的数据组成新的第j个靶基因速率然后计算新的第i个调控基因的表达数据第j个靶基因速率之间的互信息再计算时间延迟dm下的最大值其中,2≤M≤10,E=T-dM-1; 计算与的互信息计算公式为: 其中,H表示中伪时间的个数,ψx表示Digamma函数,k表示k近邻估计法中的参数,表示联合随机变量下对应的变量zi=xi,xj使用k近邻估计法计算出距离zi距离不大于εi2点的个数,表示距离xi第k近的点,表示距离xj第k近的点,||x||表示x的最大范数,εi表示zi到其第k个最近点边界最大范数下距离最大值的两倍; 4构建基因调控网络: 通过步骤3所计算的最大值和计算第i个调控基因与第j个靶基因之间的调控强度Ii,j,并构建以基因为节点,以两个基因之间的调控强度为边的包括N个节点和N×N条边的基因调控网络,然后剔除调控强度小于预设阈值的边,得到最终的基因调控网络。
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